Действия S.T.A.L.K.E.R .: Clear Sky происходят в 2011 году, за год до событий оригинальной S.T.A.L.K.E.R. игра.
Группа сталкеров впервые достигает самого центра Зоны - Чернобыльской АЭС - и запускает катаклизм на грани катастрофы. Огромный взрыв аномальной энергии трансформирует Зону: некогда надежные дороги больше не безопасны, ландшафт исчерчен вспышками аномалий, а на карте Зоны появляются ранее неизвестные области. Сталкеры и экспедиции гибнут или оказываются изолированными на потерянных территориях.
При максимальной аномальной активности нестабильная Зона продолжает содрогаться радиоактивными выбросами. Преобразование карты Зоны дестабилизирует хрупкий баланс сил в Зоне. Между группами разгораются боевые действия за новые территории, поля артефактов и сферы влияния. Больше нет старых врагов или друзей - теперь каждый следит только за собой. Война фракций началась.
Главный герой - наемник, который оказался на краю противостояния между группировками сталкеров, Стрелком и даже самой Зоной. Главный герой играет ключевую роль в событиях, которые привели к созданию Зоны, вплоть до момента начала игры в оригинальном S.T.A.L.K.E.R..
Какие новые испытания ждут сталкеров в недрах новой зоны? Почему аномальные выбросы продолжают сотрясать Зону и что можно сделать, чтобы их остановить? Какая группировка возьмет верх в войне групп? На эти и многие другие вопросы ответит официальный приквел - S.T.A.L.K.E.R .: Clear Sky.
